Genotipagem de DNA
Os ensaios de genotipagem Taqman® utilizam sondas MGB específicas para cada um dos alelos e dois primers, o que permite a identificação dos alelos de forma robusta e precisa. Esta plataforma beneficia da elevada capacidade de execução e reprodutibilidade associadas aos ensaios TaqMan® (Figura 1). Por seu lado, a tecnologia OpenArray® permite uma redução significativa dos custos por genotipagem com recurso a miniaturização da componente de fluidos e redução de reagentes por ensaio.
 
 
Figura 1. Ilustração dos resultados de genotipagem para um ensaio. Cada ponto representa uma amostra. A cor indica o genótipo de cada amostra: azul – FAM homozigóticos (TT), verde – FAM e VIC heterozigóticos (TC), vermelha – VIC homozigóticos (CC) e turquesa – controlos negativos.
 
A Life Technologies disponibiliza seis formatos de arrays (Tabela 1). Estas placas são produzidas com os ensaios solicitados pelo cliente, ensaios de genotipagem TaqMan® OpenArray® predefinidos e/ou personalizados. O número de ensaios por array e o número de amostras a carregar varia de acordo com o formato selecionado (144 amostras para 16 ensaios de genotipagem a 12 amostras para 256 ensaios). A quantidade total de amostra necessária por projeto também depende do formato das placas, variando de 250 a 1440 ng com concentração inicial de 50 ng/μL (quantificação por fluorimetria). Protocolos otimizados para extração de DNA, atendendo aos requisitos desta tecnologia, estão implementados na nossa Unidade para diversos tipos de amostras como sangue, tecidos parafinados e zaragatoas bucais.

Tabela 1. Formatos disponíveis para as placas de genotipagem TaqMan® OpenArray®. Estes formatos não devem ser considerados como limitativos, uma vez que podem ser repensados de acordo com as necessidades de cada projeto a um preço competitivo.
 
Formato placa Número de amostras/placa Mínimo a encomendar Total amostras/mínimo a encomendar

16 ensaios 144 10 1440

32 ensaios 96 10 960

64 ensaios 48 20 960

128 ensaios 24 40 960

192 ensaios 16 60 960

256 ensaios 12 80 960
 
Custo por SNP por amostra desde 30 cêntimos, variando de acordo com o formato de array e número de amostras a genotipar.
Este sistema é ideal para a validação de estudos de associação de genes a doenças ou outros estudos de genotipagem que envolvam um número de amostras considerável.

Providenciamos os serviços de genotipagem de média a larga escala, desde a fase de conceção do projeto à análise estatística dos resultados. Desenvolvemos ainda uma ferramenta bioinformática que permite identificar e selecionar polimorfismos genéticos associados a caraterísticas ou doenças.

Para mais informações sobre esta tecnologia e estimativa de custos de projetos contatar Conceição Egas, Unidade de Serviços Avançados do Biocant (cegas@biocant.pt).
 
 
 
 
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