Sequenciação de DNA na plataforma 454
 
Descrição da tecnologia
O ADN genómico é fraccionado em segmentos de poucas centenas de pares de bases e ligado a beads numa proporção de 1:1 para que cada bead contenha apenas um tipo de segmento. Cada segmento é amplificado clonalmente em microreactores formados por emulsão em óleo – PCR de emulsão. As beads com ADN ligado são distribuídas numa placa de fibra óptica. A sequenciação ocorre por síntese sendo os nucleótidos adicionados um a um. A incorporação de um nucleótido é traduzida pela emissão de luz por acção da luciferase (pirosequenciação). A intensidade da luz é proporcional ao número de nucléotidos incorporados, sendo a sequência final de um segmento construída a partir de cada incorporação relativamente a uma coordenada (bead) na placa de fibra óptica. A existência de milhares de picoreactores em paralelo na mesma placa permite a obtenção de milhões de bases de DNA numa única corrida. A sequenciação de cDNA, EST ou outros amplicões requer um passo de PCR prévio para amplificação da zona de interesse e ligação às beads. O restante procedimento é semelhante ao acima descrito.

A tecnologia de sequenciação da 454 Life Sciences, GS FLX Titanium, é bastante versátil permitindo obter informação para as seguintes áreas:
 
Sequenciação de novo ou resequenciação de genomas por “whole genome shotgun sequencing”.
Sequenciação de BAC ou Fosmideos.
Análise do transcriptoma: EST, 5’RATE, MS-PET, SAGE ou transcriptos inteiros a partir da sequenciação de cDNA.
Ultra-deep sequencing de amostras tumorais ou virais.
Resequenciação de exões/genes.
Metagenómica e estudos de biodiversidade.
Estudo da regulação genética através da sequenciação de RNA não codificante ou “CHIP-sequencing”.
Modificações epigenéticas: padrões de metilação do ADN ou modificações do nucleossoma.
Paleogenómica por sequenciação de ADN de amostras antigas.
Filogenómica através da sequenciação de EST de organismos relacionados.
 
Processamento e análise de dados
O processamento e a análise de dados são realizados num cluster dedicado em colaboração com a Unidade de Bioinformática do Biocant. Já se encontram implementados vários pipelines de análise que incluem assemblagem de genomas, anotação de genomas, genómica comparativa, análise de biodiversidade, análise de miRNAs e detecção de SNPs.
As condições e o custo destes serviços dependem de cada aplicação, tamanho da amostra e análise de dados.
 
Portfolio
Sequenciação de seis genomas bacterianos
Sequenciação de três genomas virais
Sequenciação de miRNA
Diversidade microbiana em amostras de origem ambiental, agro-industrial e humanas
Genotipagem de mutações relacionadas com doenças em humanos
Genotipagem molecular de nemátodes
Identificação molecular de bactérias e plantas
Sequenciação de transcriptomas de animais e plantas
Metatranscriptomas de amostras ambientais
 
Contacte-nos em dna@biocant.pt para o desenho experimental e custos da sua aplicação.
 
Clientes/Parceiros
Atral – Cipan
BioTrend
CCMAR
CIBIO
Dept Botânica Univ. Coimbra
Gene PrediT
IFREMER
IMAR
IMM
ITQB
Univ. Açores
Univ. Aveiro
 
 
 
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